1、檢驗時間長
檢驗一臺色譜儀通常需要3-5個小時，需要更長的時間。色差計運行前要先預熱1-2個小時。否則儀器的基線很難穩定。另外，在檢查過程中，基線和反復檢查也需要很長時間。
2、多種儀器型號，操作復雜
色譜儀運行前需要更換色譜熱、流動相、泵及探測器，并設置衰減、流速、紙速等，因此操作復雜。另外，色差計的型號比較多，各型號的色差計的工作界面都不同。特別是電腦工作站的引進，各種色差計的工作差異進一步擴大。
3、維修困難
色譜儀的內部電路非常復雜，更換部件使用該制造商的輔助產品，因此維修起來更加困難。
4、標準物質是主要的測量裝置
不管是氣相色譜儀還是氣相色譜儀，基準噪音、基準漂移和小的檢測濃度都是三個重要指標，對其進行檢驗只需要使用標準物質
5、不平衡分布
